Η νησίδα τειχίστηκε κατά την αρχαιότητα για την προστασία της αρχαίας πόλης του Ολούντος. Περί τα τέλη του 16ου αιώνα, οι Ενετοί οικοδόμησαν εκεί ένα από τα σημαντικότερα επιθαλάσσια προμαχωνικά οχυρά της Μεσογείου, σε σχέδια ορισμένων από τους πιο διάσημους μηχανικούς της Βενετίας. Ως λιμάνι η Σπιναλόγκα, λόγω της γεωγραφικής θέσης της, αποτέλεσε σταυροδρόμι επικοινωνίας ανθρώπων και πολιτισμών, καθώς διευκόλυνε όχι μόνο το εμπόριο, αλλά και τη διακίνηση ιδεών και τεχνών μεταξύ Δύσης και Ανατολής. Κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα το νησί φιλοξένησε τον μεγαλύτερο οθωμανικό οικισμό της Ανατολικής Κρήτης μετά τον Χάνδακα. Το 1903 η Κρητική Πολιτεία ίδρυσε Λεπροκομείο στη Σπιναλόγκα: εκατοντάδες άνθρωποι εξαναγκάστηκαν να ζήσουν απομονωμένοι εκεί έως το 1957 οπότε το Λεπροκομείο έκλεισε. Η διαδικασία θεσμικής προστασίας της νησίδας, με τον χαρακτηρισμό της ως αρχαιολογικού χώρου, ξεκίνησε τη δεκαετία του 1970.
Η Σπιναλόγκα, ο δεύτερος σε επισκεψιμότητα αρχαιολογικός χώρος της Κρήτης, μετά το μινωικό ανάκτορο της Κνωσού, αποτελεί ένα εξέχον μνημειακό παλίμψηστο, οι αξίες του οποίου συνδυάζονται με την σημασία του ως τόπου ιστορικής μνήμης με ιδιαίτερους συμβολισμούς, ενός χώρου εγκλεισμού και απομόνωσης, πρακτικές που συνδέονται με τις βαθιά ριζωμένες προκαταλήψεις και το κοινωνικό στίγμα που ακολουθούσε τους χανσενικούς ασθενείς. Η Σπιναλόγκα, όμως, εκπέμπει παράλληλα πολλά θετικά μηνύματα, καθώς συνιστά παράδειγμα κοινωνικής αλληλεγγύης και σύμβολο του αγώνα του ανθρώπου να συνεχίσει και να βελτιώσει τη ζωή του συλλογικά, ακόμη και κάτω από τις πιο αντίξοες συνθήκες.
Tο Φρούριο Σπιναλόγκας εντάχθηκε στον Ενδεικτικό Κατάλογο της Ελλάδας το 2014.
O φάκελος υποψηφιότητας του Φρουρίου Σπιναλόγκας συγκροτήθηκε από ομάδα εργασίας απαρτιζόμενη από στελέχη της Διεύθυνσης Βυζαντινών & Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων και της Εφορείας Αρχαιοτήτων Λασιθίου του ΥΠΠΟΑ, η οποία εργάσθηκε υπό τον συντονισμό των κ.κ. Ιουλίας Παπαγεωργίου, Αναπληρώτριας Προϊσταμένης της ΔΒΜΑ και Γωγώς Μοσχόβη, Προϊσταμένης του Τμήματος Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων και Μουσείων της ΕΦΑ Λασιθίου.
