Το Ολυμπιακό Μουσείο, μοναδικό στο είδος του, ιδρύθηκε το 1998, με την ονομασία Μουσείο Αθλητισμού – αποτελώντας το μοναδικό μουσείο στο είδος του στην Ελλάδα μετά από πρωτοβουλία και συνεργασία του Υπουργείου Πολιτισμού, της Ειδικής Γραμματείας Αθλητισμού Μακεδονίας-Θράκης και τη συμμετοχή εκπροσώπων Αθλητικών Ομοσπονδιών και Ενώσεων της τοπικής αυτοδιοίκησης.
Σκοπός του Μουσείου, είναι η συλλογή, διατήρηση, καταγραφή και τεκμηρίωση της ιστορίας του αθλητισμού καθώς και η προαγωγή του αθλητισμού σε άτομα όλων των ηλικιών.[1] Αρχικά, το Μουσείο Αθλητισμού στεγάστηκε σε χώρο επιφάνειας 300μ2 στο κέντρο της πόλης, που παραχωρήθηκε από τον ΟΣΕ και στέγασε τις εκθεσιακές δραστηριότητες των πρώτων ετών λειτουργίας του μουσείου.
Το 2004,χρονιά των Ολυμπιακών Αγώνων στην Αθήνα, το μουσείο μεταφέρθηκε σε νέο κτίριο κοντά στο Καυτανζόγλειο Στάδιο, στην ευρύτερη περιοχή του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. (οδός 3ης Σεπτεμβρίου και Αγίου Δημητρίου)
Το νέο, σύγχρονο και μοντέρνο κτίριο, επιφάνειας 4500 τ.μ. εγκαινιάστηκε το ίδιο έτος από τον Πρόεδρο της Διεθνούς Ολυμπιακής Επιτροπής, Ζακ Ρογκ.
Στις 30 Ιανουαρίου 2008 η Διεθνής Ολυμπιακή Επιτροπή, μετά από σχετική εισήγηση της Ελληνικής Ολυμπιακής Επιτροπής αναγνωρίζοντας την προσφορά του Μουσείου Αθλητισμού στον αθλητικό και πολιτιστικό χώρο, το μετονόμασε σε Ολυμπιακό Μουσείο Θεσσαλονίκης.[2] Το Ολυμπιακό Μουσείο Θεσσαλονίκης είναι μέλος της ISHA (Διεθνής Ένωση Αθλητικής Κληρονομιάς), του ICOM (Διεθνές Συμβούλιο Μουσείων[3]) και του Δικτύου Ολυμπιακών Μουσείων ενώ συνεργάζεται με διάφορους ευρωπαϊκούς φορείς αθλητικής και πολιτιστικής κληρονομιάς.
