Συγκεκριμένα στο ΣτΕ είχε προσφύγει ο καθηγητής Ανδρέας Γιαννακουδάκης και ζητούσε να ακυρωθεί η από 20.5.2014 απόφαση του συμβουλίου του ιδρύματος του ΑΠΘ, με την οποία επελέγησαν ως υποψήφιοι για την εκλογή στο αξίωμα του πρύτανη στο ΑΠΘ οι καθηγητές Σ. Λογοθέτης, Π. Μήτκας και Ι. Παπαδογιάννης και παραλείφθηκε ο ίδιος να επιλεγεί.
Η αίτηση του κ. Γιαννακουδάκη έγινε δεκτή από την 7μελή σύνθεση του Γ΄ Τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας, κατά πλειοψηφία, ακυρώνοντας από την από 31.7.2014 απόφαση του υπουργού Παιδείας με την οποία διορίστηκε πρύτανης στο ΑΠΘ ο κ. Μήτκας.
Ειδικότερα, το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο έκρινε ότι «η από 20.5.2014 απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, με την οποία έγινε η επιλογή των προς εκλογή υποψηφίων κατά παράλειψη του κ. Γιαννακουδάκη, χωρίς να προηγηθεί πρόσκληση στην σχετική συνεδρίαση του πρύτανη του ΑΠΘ είναι μη νόμιμη». Οι σύμβουλοι Επικρατείας είπαν με άλλα λόγια ότι απόφαση του Συμβουλίου του Ιδρύματος του ΑΠΘ, η οποία εκδόθηκε χωρίς να προηγηθεί σχετική πρόσκληση προς τον εν ενεργεία πρύτανη του Ιδρύματος είναι μη νόμιμη και για το λόγο αυτό την ακύρωσαν.
Ακόμη, το ΣτΕ ανέπεμψε την υπόθεση στο ΑΠΘ για να επαναληφθεί νόμιμα η διαδικασία, δηλαδή «προκειμένου το Συμβούλιο του Ιδρύματος (ΑΠΘ) να επαναλάβει την συνεδρίαση του για κρίση των υποψηφίων προς εκλογή, αφού προηγουμένως καλέσει τον κατά τον χρόνο της ακυρωθείσης αποφάσεώς του (20.5.2014) πρύτανη του ΑΠΘ, αναπληρούμενο από τον νόμιμο κατά τον ανωτέρω χρόνο αναπληρωτή του, ο οποίος δεν κωλύεται».
Από την πλευρά το ο Περικλής Μήτκας δήλωσε:
«Ανακοινώθηκε ότι το Συμβούλιο της Επικρατείας έκανε δεκτή την αίτηση ακυρώσεως του Καθηγητή κ. Α. Γιαννακουδάκη, λόγω της μη νόμιμης σύνθεσης του Συμβουλίου Ιδρύματος, εξαιτίας της μη κλήτευσης του τότε Πρύτανη στις συνεδριάσεις του. Στη συγκεκριμένη διαδικασία δεν είχα ούτε ανάμειξη ούτε λόγο. Σύμφωνα με την απόφαση του ΣτΕ και ανεξάρτητα από την ουσία και το αποτέλεσμα της εκλογής αυτής καθεαυτής, από σήμερα δεν ασκώ τα καθήκοντα που μου εμπιστεύθηκε το εκλογικό σώμα.
Στις πρώτες 100 ημέρες που υπηρέτησα ως Πρύτανης το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, διαπίστωσα το μεγαλείο και το μέγεθος του Ιδρύματος και, κυρίως, τις δυνατότητες των ανθρώπων του. Κινήθηκα με γνώμονα πάντα το συμφέρον του ΑΠΘ και προσπάθησα, μαζί με τους συνεργάτες μου, να θωρακίσω το κύρος του και να υπερασπιστώ τον δημόσιο χαρακτήρα του.
Στην ομιλία μου για τον εορτασμό της 26ης Οκτωβρίου είχα ζητήσει απ’ όλην την κοινωνία μια “θετική συνωμοσία” για να στηρίξει το δημόσιο Πανεπιστήμιο, γενικά, αλλά και το ΑΠΘ ειδικότερα, ώστε να ανταποκριθεί στις προσδοκίες των καιρών και των ανθρώπων. Δεσμεύομαι σε όλα τα μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας ότι αυτήν τη “θετική συνωμοσία” θα συνεχίσω να επιδιώκω με όλες μου τις δυνάμεις.
Σε κάθε περίπτωση, το αίτημα για ένα άριστο, δημόσιο Πανεπιστήμιο με διεθνή ακτινοβολία, που θα υπηρετεί τις αξίες της δημοκρατίας και της αξιοκρατίας, εξακολουθεί να προβάλλει εντονότερο από ποτέ. Στις νέες προκλήσεις παραθέτουμε την αταλάντευτη αγωνιστικότητά μας.
Το ταξίδι που ξεκινήσαμε το καλοκαίρι δεν τελειώνει εδώ και, φυσικά, δεν αποτελεί παρένθεση. Μαζί αποφασίσαμε να βάλουμε τέλος σε παλιές πρακτικές και με πίστη, σχεδιασμό και όραμα και ιδίως με συμμετοχή όλων των δυνάμεων του ΑΠΘ, θέσαμε τις βάσεις της νέας πορείας του.
Οι συνεργάτες μου κι εγώ δηλώνουμε προσηλωμένοι σε αυτόν τον στόχο».
