Η Ειρήνη Αγαπηδάκη είναι Ψυχολόγος, με Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (MSc) στην Προαγωγή και Αγωγή Υγείας από την Ιατρική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και διδακτορικό δίπλωμα (PhD) στο γνωστικό αντικείμενο της Ψυχολογίας της Υγείας, από την ίδια Σχολή.
Έχει μετεκπαιδευτεί και σε θέματα πρόληψης των ψυχικών διαταραχών και προαγωγής ψυχικής υγείας.
Επιπλέον, έχει πολυετή διδακτική και ερευνητική εμπειρία στα πεδία της χάραξης πολιτικών δημόσιας υγείας, τη μεθοδολογία έρευνας στη Δημόσια Υγεία και στην προαγωγή ψυχικής υγείας, στο πλαίσιο εθνικών, ευρωπαϊκών και διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων.
Εργάστηκε ως ερευνητική συνεργάτης επί σειρά ετών στο Εργαστήριο Υγιεινής, Επιδημιολογίας και Ιατρικής Στατιστικής της Ιατρικής Σχολής Αθηνών.
Κατά το πρόσφατο παρελθόν, εξελέγη και υπηρετούσε ως Λέκτορας Δημόσιας Υγείας στην Ιατρική Σχολή του Ευρωπαϊκού Πανεπιστημίου Κύπρου, θέση από την οποία παραιτήθηκε προκειμένου να αναλάβει τα καθήκοντα της Ειδικής Γραμματέως Προστασίας Ασυνόδευτων Ανηλίκων στο υπουργείο Μετανάστευσης και Ασύλου.
Έχει συγγράψει και δημοσιεύσει ερευνητικές εργασίες σε επιστημονικά περιοδικά με κριτές, ενώ έχει παρουσιάσει αποτελέσματα των ερευνητικών της εργασιών σε πολλά ελληνικά και διεθνή συνέδρια.
Η Ειρήνη Αγαπηδάκη μετά την ανάληψη των καθηκόντων της ως Γενική Γραμματέας Δημόσιας Υγεία, στο υπουργείο Υγείας, είναι συνυφασμένη με το πρόγραμμα των δωρεάν προληπτικών εξετάσεων στους πολίτες που χρηματοδοτείται από το Ταμείο Ανάκαμψης.
Είναι το πρόσωπο που οργανώνει όλες τις εξετάσεις μέσω ΕΟΠΥΥ που μπορούν να κάνουν οι πολίτες, εξετάσεις που θα συνεχισθούν δωρεάν και το επόμενο διάστημα, αν η ΝΔ κερδίσει τις εκλογές, και αυτός είναι ένας από τους βασικούς λόγους που ο πρωθυπουργός Κυριάκος Μητσοτάκης ήθελε να συμμετάσχει στην επόμενη σύνθεση της κυβέρνησης, ώστε να ολοκληρώσει το έργο της.
Πάντως το πέρασμά της από το υπουργείο Υγείας συνοδεύτηκε από διακριτικότητα και όχι ιδιαίτερη προβολή, ίσως γι’ αυτό και από το Μέγαρο Μαξίμου να διαρρέονταν τις τελευταίες ημέρες ότι το ψηφοδέλτιο Επικρατείας θα έχει «αντιστάρ».
Είναι χαρακτηριστικό ότι διατηρούσε άριστες σχέσεις τόσο με τον υπουργό Υγείας Θάνο Πλεύρη, όσο και με τους συναδέλφους, της Γενικούς Γραμματείς Μάριο Θεμιστοκλέους και Γιάννη Κωτσιόπουλο.